bregalad,
мы же не знаем, в чем там различие. Вы заведомо предполагаете, что там положительные пробы были исправлены на отрицательные.
Может там что-то еще.
Я, например, не в курсе, является ли формат базы стандартным, или это кастомная разработка.
Возможно, ВАДА некорректно трактуют данные.
Каким образом происходила работа с этой базой - архивирование, обработка, добавление новых данных.
Есть ли формальные требования к данным.
Может быть что угодно.